我が国が締結した経済連携協定（EPA）における関税についての特別の規定による便益を適用する（EPA特恵税率の適用を受ける）場合には、当該貨物が適用されるEPAに基づく原産品であることが必要です。

EPA特恵税率の適用を受けるには、輸入貨物がEPAに基づく原産品であることを証明した原産地証明書を原則として輸入申告の際に提出する必要があります（課税価格の総額が二十万円以下の貨物に係るものを除きます。）。なお、日豪EPA、TPP11、日EU・EPA、日米貿易協定、日英EPA、RCEP協定においては、上記の原産地証明書の提出による他、輸入者等が自ら作成した、当該貨物が締約国の原産品である旨の申告書（原産品申告書）を提出することができます（自己申告制度）。また、日スイスEPA、日ペルーEPA、日メキシコEPA、RCEP協定においては、上記の原産地証明書の提出による他、認定輸出者による原産地申告をもって特恵関税の適用を受けることができます。

原産地証明書は、貨物が各協定原産地規則の規定に基づく原産品とされるものであることを証明したものとして、貨物の輸出の際に、その輸出者等の申告に基づき発給されたものでなければなりません。 なお、有効期限は発給の日から一年となっています。

また、特恵税率適用の条件としては、原則として日本に直接運送されなければならないことになっています。仮に、輸送の都合等で第三国で積み替えられる場合には締約国からの通しＢ／Ｌ等が必要となります。

（関税法施行令第６１条第１項第２号、同条第４項〜第８項、関税法基本通達６８−５−０〜６８−５−２３）

経済連携協定（EPA）の原産地証明書発給機関一覧

経済連携協定	締約相手国の発給機関	原産地証明書 記載事項	申請者	原産地証明書様式
シンガポール	シンガポール税関	附属書IIＢ	輸出者	（締約国から通報されたもの）
メキシコ	メキシコ経済省	統一規則	輸出者・生産者	統一規則 付属書二
マレーシア	マレーシア国際貿易産業省	附属書三	輸出者	運用規則
チリ	チリ外務省国際経済関係総局、製造業振興協会（ＳＯＦＯＦＡ）、チリ商工会議所	附属書四	輸出者	運用規則
タイ	タイ商務省又はこれを承継する当局	附属書三	輸出者	運用規則
インドネシア	インドネシア商業省	附属書三	輸出者	運用規則
ブルネイ	ブルネイ外務貿易省又は財務経済省	附属書三	輸出者	運用規則
ASEAN包括	附属書四第一規則(a)に規定する当局又は同第二規則1に規定する指定団体[PDF:55KB]	附属書四の付録	輸出者	運用規則
フィリピン	フィリピン関税局	附属書三	輸出者	運用規則
スイス	スイス連邦関税管理局	附属書二	輸出者	附属書二
ベトナム	ベトナム商工省	附属書三の付録	輸出者	運用規則
インド	インド商工省商務局、EIC、Textiles Committee、MPEDA	運用手続	輸出者	運用手続
ペルー	ペルー通商観光省又はその後継機関	附属書四	輸出者	附属書四
オーストラリア	ACCI、AiG、IECS、TWO	附属書三	輸出者・生産者	（締約国から通報されたもの）
モンゴル	モンゴル産業省、商工会議所	附属書三	輸出者	運用規則
RCEP	RCEP協定第３・１条(i)に規定する機関[PDF:89KB]	附属書３Bの１	輸出者・生産者	（締約国間で合意したもの）

前述の様に原産地証明書又は原産品申告書等は、貨物の輸入申告の際に提出することになっていますが、税関長が災害その他やむを得ない理由があると認める場合又は輸入許可前における貨物の引取りの承認（ＢＰ）を受ける場合には事後提出が認められます。

なお、協定の発効日から関税撤廃若しくは関税引下げが行われる場合、協定の発効日以降の輸入申告においてはＥＰＡに基づく関税率の適用が可能ですが、原産地証明書の発給が間に合わない場合には、下記の税関の担当部署までお問い合わせ願います。

→お問合わせ先 （原産地規則などについての照会）