貨物のセキュリティ管理と法令遵守の体制が整備された輸出者については、税関による審査・検査が軽減され、輸出貨物の迅速かつ円滑な船積み（積込み）が可能となるほか、貨物を保税地域に搬入することなく、輸出申告を行い、自社の倉庫等で輸出の許可を受けることや輸出申告官署の自由化を利用した輸出申告が可能となります。

貨物のセキュリティ管理と法令遵守の体制が整備された輸入者については、税関による審査・検査が軽減されるほか、貨物の引き取り後に納税申告を行うことや輸入申告官署の自由化を利用した輸入申告が可能となります。

貨物のセキュリティ管理と法令遵守の体制が整備された保税蔵置場等の被許可者（特定保税承認者）については、税関長へ届け出ることにより保税蔵置場を設置すること等が可能となるほか、当該届出蔵置場に係る許可手数料も免除となります。

貨物のセキュリティ管理と法令遵守の体制が整備された通関業者については、輸入者の委託を受けた輸入貨物について貨物の引取り後に納税申告を行うことが可能となるほか、輸出者の委託を受けて保税地域以外の場所にある貨物について輸出の許可を受けることや輸出入申告官署の自由化を利用した輸出入申告が可能となります。

貨物のセキュリティ管理と法令遵守の体制が整備された認定通関業者のほか、特定保税承認者その他の国際運送貨物取扱業者については、個々の保税運送の承認が不要となるほか、 特定委託輸出申告に係る貨物について、輸出者の委託を受けて保税地域以外の場所から直接積込港等まで運送を行うことなどができます。

貨物のセキュリティ管理と法令遵守の体制が整備された製造者が製造した貨物について、当該製造者以外の輸出者が行う輸出通関手続において、保税地域に当該貨物を搬入することなく輸出の許可を受けることが可能となります。