門司税関の管轄区域は、山口県全県と九州のうち、有明海に面する地域を除く福岡・佐賀の両県、大分・宮崎の全県と長崎県の壱岐・対馬という広範囲な地域に及んでいます。
管内には、外国貿易のために開かれた１９の開港と４つの税関空港があります。

 ※2021年7月1日時点