日インドネシア経済連携協定では、両国間の往復貿易額の約９７％（日本からの輸出額の約９９％、インドネシアからの輸入額の約９４％）についてこの協定の発効から１０年以内に関税が撤廃されます。

I ．農林水産品分野について

１．日本の主な譲許内容

　　・えび・えび調製品、林産品（合板除く）等:即時関税撤廃

　　・生鮮バナナ：関税割当
　　　　枠内税率（無税　1,000トン／年度〔協定発効５年目に割当量を再協議〕）
　　　　枠外税率　10％（4月〜9月）、20％（10月〜3月）

　　・生鮮パイナップル：関税割当
　　　　枠内税率（無税　段階的に割当量を増加し、5年目に300トン/年度　〔協定発効５年目に割当量を再協議〕）
　　　　枠外税率　17％

　　・ソルビトール：関税割当
　　　　枠内税率（3.4％　25,000トン/年度〔協定発効５年目に割当量を再協議〕）
　　　　枠外税率 7年間で17％から12％に削減

２．インドネシアの主な譲許内容

　　・りんご、ぶどう及びかき：即時関税撤廃

II ．鉱工業品分野について

１．日本の主な譲許内容

日本に輸入される鉱工業品のほぼすべてが即時関税撤廃されます。

２．インドネシアの主な譲許内容

　（イ）自動車・自動車部品

　　　・完成車
　　　　　3000cc超乗用車　：2012年までに関税撤廃
　　　　　3000cc以下乗用車：ほぼ全て2016年までに5％以下に関税撤廃・削減

　（ロ）鉄鋼

　　 ・自動車・同部分品、電気・電子、建設機械、エネルギー等の分野で用いられる高級鋼材：関税の免税措置（特定用途免税）