日マレーシア経済連携協定は、2004年１月、両国首脳会談での合意を受けて交渉を開始しました。2005年５月の両国首脳会談における本協定の主要点についての大筋合意の確認の後、同年12月の両国首脳会談（於クアラルンプール）にて協定に署名が行われ、2006年７月に発効しました。
　日マレーシア経済連携協定は、シンガポール、メキシコとの経済連携協定に次いで、我が国にとって３番目に発効した協定です。

1．本協定の概要
　本協定は、日本とマレーシアの間の物品及びサービスの貿易並びに投資の自由化を促進するとともに、貿易の円滑化及び国民の福祉増進のために協力を行うことにより、双方の経済活動を強化するものです。

2．我が国にとっての意義
　本協定は、日本にとって第13位の輸出相手国、また、第12位の輸入相手国（2023年財務省貿易統計）であるマレーシアとの貿易投資の拡大による更なる経済緊密化に寄与するものであるとともに、戦略的パートナーシップの新たな時代を切り開き、東アジア共同体に向けた強固な基礎を提供するものです。

3．協定の主要な内容
　(1) 物品の貿易：両国間の貿易について、鉱工業品及び農産品についての包括的な関税の撤廃と引下げ
　(2) 税関手続：関税関係法令に関する透明性の確保、税関手続に係る一貫性・透明性の向上及び迅速化、一時輸入貨物・通過物品に係る通関手続の円滑化、税関当局間の協力・情報交換
　(3) 投資：原則として相互に内国民待遇及び最恵国待遇の付与、特定措置の履行要求の禁止
　(4) サービス：自国の特定する分野において、市場アクセス、内国民待遇、最恵国待遇を約束
　(5) 知的財産：知的財産制度の透明性向上、知的財産権の十分な保護の確保、エンフォースメントの強化、知的財産分野での協力
　(6) 反競争的行為の規制：反競争的行為に対する適切な措置の実施及び規制の分野での協力
　(7) ビジネス環境の整備：相手国企業からの苦情・照会の窓口となる連絡事務所を設置
　(8) 協力：農林水産業、教育・人材養成、情報通信技術、科学技術、中小企業、観光及び環境の７分野での協力