特例輸入者制度は、セキュリティ管理とコンプライアンスの体制が整備された者としてあらかじめいずれかの税関長の承認を受けた輸入者（特例輸入者）が、輸入申告と納税申告を分離し、納税申告の前に貨物を引き取ることや輸出入申告官署の自由化を利用した輸入申告が可能となる制度です。

　特例輸入者制度においては、納税申告の前に貨物を引き取ることが可能となるとともに、貨物が本邦に到着前に輸入申告を行い、輸入の許可を受けることができることから、輸入貨物の一層の迅速かつ円滑な引取りが可能となるほか、貨物の蔵置場所に関わらず、いずれの税関長に対しても輸入申告（輸出入申告官署の自由化を利用した申告）が可能となり、輸入者の事務の効率化やコストが削減される等、その利便性が向上することが期待されます。

　なお、申告手続の簡素化・効率化の内容としては、次のことが挙げられます。

(1) 貨物が本邦に到着する前に通関手続が完了します。

(2) 輸入申告時の申告項目が削減されます。

(3) 輸入申告時に納税のための審査・検査が基本的に省略され、さらに税関における審査・検査において優れたコンプライアンスが反映されることから、通関に要する時間を計算できることとなり、在庫管理が一層容易となります。

(4) 保全のため必要と認められる場合を除き、担保の提供を行うことなく納税申告を後日に行うことができます。

(5) 納税申告を後日まとめて行うことができます。

(6) 貨物の蔵置場所に関わらず、いずれの税関長に対しても輸入申告が可能となります。