(1)　過少申告加算税
　納税申告があった後、税関の調査により、納税申告が適正でないとして修正申告又は更正が行われた場合は、原則として、当該修正申告等により増加した税額の10％に相当する金額の過少申告加算税が課されます。
　また、税関の調査通知を受けた日の翌日以後、更正予知前に修正申告が行われた場合は、新たに納めることになった税金の５％に相当する金額が過少申告加算税として課されます。
　なお、過少申告であったことが正当な理由によるものであると認められる部分がある場合には、この部分に対して過少申告加算税は課されません。また、修正申告が税関の調査通知よりも前に行われた自主的な修正申告である場合には、過少申告加算税は課されません。
（注1）修正申告等により増加した税額のうち、当初申告税額又は50万円のいずれか多い金額を超える部分については、その超えている部分に相当する金額の５％に相当する金額の過少申告加算税が加算されます。
（注２）あらかじめ過少申告加算税の軽減措置の適用を受ける旨を記載した届出書を税関長に提出し、一定の要件を満たす電子帳簿（優良な電子帳簿）に記録された事項に関して修正申告等が行われた場合には、修正申告等により増加した税額の５％に相当する金額の過少申告加算税が軽減されます。ただし、重加算税の対象となる事項がある場合には適用されません。

 

(2)　無申告加算税
　納税申告が必要とされる輸入貨物について、当該申告が行われずに輸入された貨物で、期限後特例申告書を提出した場合、税関長の決定があった場合、又は当該決定後に修正申告又は更正があった場合には、当該決定等により納付すべき税額の15％に相当する金額の無申告加算税が課されます。
　また、税関の調査通知を受けた日の翌日以後、更正決定予知前に期限後特例申告書の提出又は修正申告が行われた場合は、新たに納めることになった税金の10％相当額が無申告加算税として課されます。
　なお、無申告であったことが正当な理由によるものであると認められる場合には、無申告加算税は課されません。
（注1）決定等により納付すべき税額が50万円を超える部分については、その超えている部分に相当する金額の５％に相当する金額の無申告加算税が加算されます。
（注2）期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定があった日の前日から起算して５年前の日までの間に、同一の税目について、無申告加算税又は重加算税を課されたことがあるときは、納めることとなった税額の10％に相当する金額の無申告加算税が加算されます。

 

(3)　重加算税
　上記(1)「過少申告加算税」が課される場合で、輸入者が課税価格等の基礎となる事実について隠蔽又は仮装行為を行い、それに基づいて申告をしていたときは、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額の35%に相当する金額の重加算税が課されます。
　また、上記(2)「無申告加算税」が課される場合で、輸入者が隠蔽又は仮装行為を行って輸入（納税）申告をしていなかったときは、無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額に係る無申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額の40％に相当する金額の重加算税が課されます。
　なお、隠蔽又は仮装されていない事実に基づいて計算した税額は、重加算税の計算の基礎となるべき税額から控除されます。

（注1）期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定があった日の前日から起算して５年前の日までの間に、同一の税目について、無申告加算税又は重加算税を課されたことがあるときは、納めることとなった税額の10％に相当する金額の重加算税が加算されます。
（注２）スキャナ保存が行われた関税関係書類に係る電磁的記録又は電子取引の取引情報に係る電磁的記録に記録された事項に関して、隠蔽又は仮装行為を行った場合には、納めることとなった税額の10％に相当する金額の重加算税が加算されます。
 
（関税法第12条の２、第12条の３、第12条の４）