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沖縄地区税関の管轄区域は、沖縄県の行政区域内で、東西1,000km、南北400kmの広大な海域と大小60あまりの島嶼を管轄しています。
沖縄地区税関には、総務部、監視部、業務部および調査部の他、沖縄県内各地に税関支署4ヶ所(那覇空港・石垣・沖縄・宮古島)、出張所4ヶ所(那覇外郵・鏡水・石垣空港・平安座)および監視署(与那国)が設置されています。