日インドネシア経済連携協定は、2005年７月、両国首脳会談での合意を受けて交渉を開始しました。2006年11月の両国首脳会談における本協定の主要点についての大筋合意の確認の後、2007年８月の両国首脳会談（於ジャカルタ）にて協定に署名が行われ、2008年７月に発効しました。
日インドネシア経済連携協定は、シンガポール、メキシコ、マレーシア、チリ、タイとの経済連携協定に次いで、我が国にとって６番目に発効した協定です。

１．本協定の概要

本協定は、我が国とインドネシアとの間の経済上の連携を図るため、物品・サービスの貿易及び投資の自由化・円滑化、自然人の移動、エネルギー・鉱物資源分野での関係強化、人材養成等の協力、ビジネス環境の整備等につき定めるものです。

２．我が国にとっての意義

本協定は、日本にとって第12位の輸出相手国、第８位の輸入相手国（2022年財務省貿易統計）であるインドネシアとの貿易投資の拡大による更なる経済緊密化に寄与するものです。また、エネルギー分野においては、我が国企業による対インドネシア投資の法的安定性を確保するとともに、インドネシアからのエネルギー資源について我が国による安定的な確保に資するものです。

３．協定の主要な内容

（１）物品の貿易：両国間の貿易について、鉱工業品及び農産品についての包括的な関税の撤廃と引下げ
（２）税関手続：関税関係法令に関する透明性の確保、税関手続の簡素化及び調和、税関当局間の協力・情報交換。
（３）投資：内国民待遇、最恵国待遇、特定措置の履行要求の禁止、国対投資家の紛争解決、投資家及び投資財産の保護
（４）サービス：自国の特定する分野において、市場アクセス及び内国民待遇を約束。附属書に留保した分野以外について、締約相手国のサービス提供者に最恵国待遇を供与
（５）人の移動及び関連する協力：看護師及び介護福祉士にかかる受入れの枠組みを含め附属書に規定するカテゴリーに該当する自然人の移動の円滑化に必要な措置を約束するものである
（６）エネルギー・鉱物資源：投資促進・円滑化のための協力、協議メカニズムの導入、新たな規制措置導入の際の手続、輸出許可手続の透明性確保等の安定供給に資する枠組みを提供
（７）知的財産：知的財産制度の透明性向上、知的財産権の十分な保護の確保、エンフォースメントの強化、知的財産分野での協力
（８）競争：反競争的行為に対する取組による競争の促進及びその分野における協力
（９）協力：製造業、農林水産業、貿易投資の促進、人材養成、観光、情報通信技術、金融サービス、政府調達、環境の９つの分野で協力。